蔡氏意學：心物雙破，唯意真實
而關於對道德與科學關係的認知，現代的學術界是很成問題的。這些問題包括兩個層面。
第一個層面是， 現代學術道德、科學這些概念，極其相互關係的認知，都是基於西方文明的，尤其是基於近現代西歐文明，或者說，是站在西方文明的參照系中來看待這些問題的，以西方文化的標準來評判這些問題的。中國文明的參照系，中國文化的標準則被武斷地排除在外。
就中國而言，甲午戰爭之後，尤其是民國之後，就開始徹底否定中國自身的文化，認為其是落後的、過時的，理應和註定被淘汰。最著名的口號就是魯迅的「不讀線裝書」、中國文化是「吃人」的文化。在這個局面之下，中國的學術系統開系統性地引入西方學術，導致中國當下的學習系統在範式上是西方的，在學術和文化的評價標準上，也自然選用了西方參照系和西方標準。
第二個層面是，在西方內部，或者更精確在現代的歐美，在對道德與科學關係的認知上，則是以後來出現的科學意識形態為參照系和標準，而武斷地將基督教排除在外。
事實上，科學意識形態的形成，是19世界中期的事。這個過程中的標誌性事件就是「發現」進化論的達爾文與教會的大辯論，達爾文聲稱人是由猴子逐漸進化而來，是「客觀」、「科學」的進化率創造了人類，極力否定基督教的上帝造人說。
現代文明、現代學術的核心和基石就是科學意識形態，科學意識形態成為現代西方的主流意識形態，當民國時期中國系統性引入西學之後，科學意識也成為中國的主流意識形態。事實上，科學意識形態在西方和中國的出現的時滯是非常短的，相差不過幾十年。
在西歐，科學意識形態是在否定基督教的基礎上才得以產生，是砸爛上帝後的產物。因此，科學意識形態就認為，包括基督教在內的宗教是落後的。而基督教則是西歐的傳統，科學則代表現代，這樣就形成傳統落後，現代先進的觀念。
西方，直至一神教的出現，才有了個人道德的觀念。上帝是道義、正義的承載者，是「神以載道」，人本來沒有道義，是沒有道德的罪人，但是，通過信仰上帝，就可以獲得道義、正義，從而可以擁有道德，成為一個「義人」、「善人」。這是一神教的核心要義所在，基督教稱之為「因信稱義」。
在一神教中，道德就是對神的信仰，這種信仰不僅可以為個人提供心靈的動力和歸屬，而且也是整個社會秩序的基石。
總之，宗教問題就是道德問題，道德就是對神的信仰，就是信神，沒有信仰、不信神，就是沒有道德。
現代的以唯物主義為基礎的科學，之所以要反對宗教，原因在於，基督教的形上學性，認為全知全能的上帝是一切知識的起源，因此，學習知識就是對神進行信仰，而不是對經驗的學習。即基督教是否定現世的，否定對經驗的學習。而科學則是基於現世的，基於對經驗的學習的，尤其是基於「實驗」。
毫無疑問，在一神教中，對上帝進行形而上的神話性虛構，是其敗筆，但是，這絕非意味其一無是處，而是包含著極為最重要極為寶貴的東西，就是道義、道德本身。
事實上，是可以按中國「文以載道」、「以神道設教」的思維和原理，對基督教的上帝進行分解、分離的。
「以神道設教」來自《周易》「觀卦」，「觀」有兩個主要義項，一個是自己去觀察，另一個則是設計、陳列東西讓別人去觀察。三代時期的祭祀禮儀，也屬於宗教制度，就是後一義項的「觀」。在位者設計出來，以給老百姓觀看。而給老百姓觀看的目的，則是對其進行教化。即將禮樂制度當成教化、教育的手段。這就是「以神道設教」。
也就是說，中國的古人很明白，宗教的神學設計，只不過是一種教化工具，讓老百姓明白其中的道理。因此可以說是「神以載道」，也是「文以載道」。「神」其實就是一種「文」。
這樣一神教的神，就包括兩個部分：文的部分和道的部分。文的部分就是神學設計，包括神靈的形態，是神學的、神話的，也是形而上的，當然也是虛構的、虛設的。道的部分就是道義、正義，也是中國儒家所講的「義理」。
如果對神做出這樣的分解、分離，就可以發現，在神的兩個構成部分中，作為載道工具的神學設計部分，是迷信的、錯誤的、落後的，也可以說是騙人的。但是，對於道義本身、義理本身，則是正確的，而且是彌足珍貴的。
因此，對基督教就不能全盤否定，而只能否定其神學的部分，而應該保留下其道義、道德的部分。
但是遺憾的是，以唯物主義為基礎的現代科學，卻將上帝、將基督教徹底、全盤地否定了，不僅否定了其迷信的神學部分，而且否定了其中的道義、道德部分。
這樣，科學意識形態的出現，不僅是一個去宗教化、去迷信化的過程，而且是一個去道義化、去道德化的過程。即科學是「無道」、「無德」的，是「不道」、「缺德」的。
科學之所以反對和否定道義、道德，其根源是，在西方文明的背景中，道義、道德一定是與宗教綁定在一起的，一定是和神綁定在一起的，要反對迷信，就必須否定虛構的神，而要否定虛構的神，也必須連道義、道德一起否定。
也就是說，在西方文明的背景下，無法做到對神進行「文以載道」式的分解分離，因為西方文明缺乏「文以載道」思維，沒有能力理解這一點。之所以如此，原因又在於，西方文明未能出現中國一樣的獨立的「道義」、「義理」的概念，獨立的「心性」概念，道義、義理的獨立源自心性的獨立，道義、義理不過是人心的基本屬性。這就是宋明理學所說的「心即理」、「性即理」。
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